北京大学医学部基础医学院生理学与病理生理学系是一个具有悠久历史的教研团队。其中生理学教研室创建于1918年，创始人周颂声教授当年经过考察生理学领先的日本后，回国筹建了中国的第一个生理学专业教学研究室，后逐渐发展为五十年代初的北京医学院生理教研组（室）。生理学教研室曾拥有一批卓有建树的生理学家，其中有我国第一代“代谢生理学家”沈寯淇教授，“消化内分泌生理学家”王志均院士和“神经生理学家”韩济生院士等。病理生理学教研室建于1954年，当时由李秀琴教授担任教研室主任，苏静怡教授、伍贻经教授等为教研室骨干。

在2000年，随着北京医科大学与北京大学的重新合并，生理学教研室也与病理生理学教研室合并成为现在的生理学与病理生理学系。经过了近一个世纪的开拓和发展，信守生理学科的发展理念，继承了光荣的传统，并不断发扬创新，使生理学科稳步发展，保持着学科优势。生理学与病理生理学系在心血管、神经、代谢、消化、内分泌等系统的功能及机制研究中取得了长足的进步，为我国生理学和病理生理学的发展做出了卓越贡献，培养了4位科技部“973”项目首席、2个国家自然科学基金委创新群体、国际生理联合会副主席、中国病理生理学会理事长、中国生理学会正/副理事长、7位国家杰出青年科学基金获得者和4位教育部长江（讲座）教授等上百名国内外相关学科领域带头人。

生理学科于1981年成为国务院首批授予博士学位授予权的四个单位之一；于1989年首次被确定为重点学科，2007年被再次确认；也是学校“211”工程重点建设学科之一。目前生理学科已成为国内心血管基础研究的重要基地，在连续几次国内高等医学院校基础医学二级学科评价以及国际QS世界大学学科排名中分数均位居全国第一。

从2004年起率先在八年制本科生中开展以“动脉粥样硬化”为主题的PBL教学，并编写了规范的教师用书和学生手册，对培养学生“自我学习，主动学习和终身学习”能力方面起到了积极的推动作用，所编写的教师用书和学生手册目前已经成为基础医学院PBL教学中心案例撰写的范版。  

2024年，有着70年历史的生理楼经过近一年的装修改造，有了脱胎换骨的变化，既保留了历史的积淀，也符合现代实验室标准。学系全体同仁必将砥砺前行，以崭新面貌迎接新发展、新未来。